Binarni visokoškolski sustav ponovno je uspostavljen u Republici Hrvatskoj 1993. godine stupanjem na snagu Zakona o visokim učilištima. Ovaj sustav u visokom obrazovanju prepoznaje dvije vrste studija: stručne i sveučilišne.
Prve „nove“ visoke škole i veleučilišta osnovane su u Hrvatskoj tijekom 1996. i 1997. godine, od čega su neke slijednice bivših samostalnih viših škola koje su ukinute reformom obrazovanja 1980-tih godina i pripojene sveučilištima, a neke su osnovane kao potpuno nova visoka učilišta.
Zbor veleučilišta djeluje od 2002. godine, kada je uspostavljen pod nazivom Zajednica visokih škola. Osnovni cilj zajednice bio je promicanje zajedničkih interesa visokih škola koje izvode stručne studije te njihovo uklapanje u trendove i standarde razvoja sličnih studija u Europi, uz osiguravanje mogućnosti uzajamne mobilnosti studenata i međusobnog priznavanja stručnog statusa. Sjedište Zajednice visokih škola bilo je u Visokoj zdravstvenoj školi u Zagrebu (danas Zdravstveno veleučilište), a činilo ju je ukupno deset visokih škola.
Donošenjem Zakona o znanstvenoj djelatnosti i visokom obrazovanju 2003. godine, Zajednica mijenja ime u Vijeće veleučilišta i visokih škola Republike Hrvatske i dobiva svoje mjesto, ulogu i ovlasti u Zakonu, a pod tim nazivom djeluje do 2002. godine kada je, stupanjem na snagu Zakona o visokom obrazovanju i znanstvenoj djelatnosti, Vijeće postalo Zbor veleučilišta, a sve visoke škole veleučilišta.
Djelovanje Vijeća veleučilišta i visokih škola do donošenja spomenutog Zakona dominantno se odnosilo na zalaganje i borbu za ostvarivanje prava studenata stručnih studija te veleučilišta i visokih škola kao visokih učilišta koji izvode isključivo ovu vrstu studija.
Ova borba prije svega se odnosila na Zakon o hrvatskom kvalifikacijskom okviru koji je u razdoblju djelovanja Vijeća, 2018. i 2021. mijenjan u dva navrata, oba puta kao posljedica zahtjeva za ocjenu ustavnosti njegovih odredbi o razini stručnih diplomskih studija koju je pokrenuo dio akademske zajednice u Hrvatskoj.
U obje je izmjene ovog Zakona zakonodavac nedvojbeno potvrdio uvriježenu praksu Europskog prostora visokog obrazovanja (EHEA) i poziciju stručnih diplomskih studija na razini 7(st) Hrvatskog kvalifikacijskog okvira te njegovu povezanost s razinom 7 Europskog kvalifikacijskog okvira (European Qualification Framework – EQF).
Svoj najveći uspjeh u zalaganju za prava studenata i veleučilišta Vijeće veleučilišta i visokih škola ostvarilo je 2022. godine kada je donesen Zakon o visokom obrazovanju i znanstvenoj djelatnosti. Uz niz izmjena u sustavu visokog obrazovanja, ovaj je Zakon ispravio veliku diskriminaciju stručnih studija odredivši kako se završetkom stručnog diplomskog studija stječe stručni naziv „magistra“ uz naznaku struke, te kako studenti sa završenim stručnim diplomskim studijem mogu nastavljati svoje obrazovanje na poslijediplomskim studijima koje u Hrvatskoj izvode sveučilišta i njihove sastavnice.
Izmjena ovog stručnog naziva predstavljala je ispravak dugogodišnje diskriminacije stručnih (diplomskih) studija te studenata koji su ih završavali, budući da se stručni naziv „stručnog specijalista“, a koji su do tada stjecali završetkom ovih studija, nikad nije uvriježio u hrvatskom sustavu visokog obrazovanja, na tržištu rada i među poslodavcima, a predstavljao je i veliku prepreku u internacionalizaciji stručnih studija budući da takav stručni naziv nije postojao nigdje u Europskom prostoru visokog obrazovanja (EHEA) osim u Hrvatskoj.
Dugoročni ciljevi Zbora veleučilišta utvrđeni su još 2003. godine kroz djelovanje Zajednice visokih škola i ostali su isti do danas: usklađivanje stručnih studija u Hrvatskoj s trendovima i standardima u europskim zemljama, usklađivanje nastavnih programa i upisne politike s potrebama gospodarstva radi primjerenosti vrste i sadržaja stručnog obrazovanja i potrebama tržišta rada, ujednačavanje standarda kvalitete nastave te promicanje suradnje sa srodnim studijima u Hrvatskoj i inozemstvu.
Zbor veleučilišta od 2006. godine je član EURASHE, Europskog udruženja institucija u visokom obrazovanju (European Association of Institutions in Higher Education).
Dužnost predsjednika Zbora veleučilišta do sada su obnašali:
- 2003. – 2007. prof. dr. sc. Mladen Havelka, dekan Zdravstvenog veleučilišta u Zagrebu
- 2007. – 2010. prof. dr. sc. Marko Jelić, dekan Veleučilišta “Marko Marulić” u Kninu
- 2011. – 2015. prof. dr. sc. Slavica Ćosović Bajić, dekanica Tehničkog veleučilišta u Zagrebu
- 2015. – 2019. prof. dr. sc. Vlatko Cvrtila, dekan Veleučilišta VERN’ u Zagrebu
- 2019. – 2024. izv. prof. dr. sc. Damir Jugo, dekan Veleučilišta Edward Bernays u Zagrebu